간이과세자 2개 사업장, 납부면제 기준은 사업장별일까? 2026 최신 예규 정리

간이과세자가 둘 이상의 사업장을 운영할 때 가장 많이 묻는 질문은 이겁니다.

“A사업장 매출은 작은데, B사업장 매출이 크면 합산해서 부가가치세를 내야 하나요?”

2026년 3월 공개 예규(법규부가-0092) 취지에 따르면, 간이과세자의 ‘납부의무 면제’ 판단은 사업장별 공급대가 기준으로 봅니다.
즉, 다른 사업장의 매출이 크더라도 해당 사업장 자체의 공급대가를 기준으로 납부면제 여부를 따지게 됩니다.

이 글은 ‘납부의무 면제 기준이 합산인지/사업장별인지’에 초점을 맞춘 정리이며, 실제 판단은 업종·과세자료·신고 형태에 따라 달라질 수 있으므로 신고 전 검토를 권장드립니다.

▲ ‘납부면제’는 합산이 아니라 각 사업장 공급대가로 따로 판단합니다(예규 취지)

예를 들어 간이과세자인 A씨가 갑 사업장, 을 사업장 두 곳을 운영한다고 가정해보겠습니다.

• 갑 사업장: 2025년 공급대가 약 1천만 원대
• 을 사업장: 2025년 공급대가 약 1억 원대

이때 흔한 오해가 “을 사업장 매출이 크니 갑 사업장도 같이 합산돼서 갑 사업장까지 납부면제에서 제외되는 것 아닌가?”입니다.

하지만 예규 취지에 따른 해석 핵심은 다음과 같습니다.

혼선의 원인은 대부분 “간이과세 적용 여부”와 “간이과세자 납부의무 면제”를 같은 개념으로 보는 데서 시작됩니다.
실제로는 판단 기준이 달라질 수 있어 구분해서 접근해야 합니다.

이번 해석은 특히 다음과 같은 형태에서 실무적으로 도움이 됩니다.

• 온라인 스토어/판매채널을 여러 개 운영하는 전자상거래 사업자
• 같은 대표자 명의로 업종 또는 판매 채널을 나눠 운영하는 개인사업자
• 지역별로 사업장을 별도 등록해 둔 간이과세자

매출 규모가 큰 사업장이 하나 있다고 해서, 매출이 작은 다른 사업장까지 자동으로 “납부면제 불가”라고 단정하면 안 됩니다.
각 사업장의 공급대가를 따로 확인하고, 사업장별로 면제 여부를 개별 검토해야 합니다.

예규 취지만 보고 “작은 사업장은 그냥 부가세를 안 내도 된다”라고 단순화하면 실제 신고에서 문제가 생길 수 있습니다.
실무에서는 최소한 아래 요소들을 함께 확인해야 안전합니다.

1. 간이과세 적용 여부가 유지되는지부터 점검해야 합니다. (사업장이 2개 이상이면 직전 연도 공급대가 합계가 영향을 줄 수 있습니다.)
2. 재고납부세액 등 예외/특이 항목이 있는지 확인이 필요합니다. 납부의무가 면제되어도 모든 항목이 동일하게 처리되는 것은 아닙니다.
3. 신고 방식·자료 반영은 업종, 과세자료, 사업장별 등록 상태에 따라 달라질 수 있으니 신고 전 체크가 필요합니다.

결론적으로, 납부면제 “기준”은 사업장별이지만, 최종 신고·납부는 개별 사실관계에 따라 결과가 달라질 수 있습니다.

한 문장으로 정리하면, 둘 이상의 간이과세 사업장이 있는 경우 납부의무 면제 기준은 합산이 아니라 ‘사업장별 공급대가’로 판단합니다.