부동산매매업자 재고주택은 주택 수에 포함될까? 양도세·취득세·종부세 세목별 정리

부동산매매업을 하시는 분들이 가장 많이 묻는 질문은 다음과 같습니다. “사업자 명의로 보유한 매매용 주택도 세법상 주택 수에 들어가나요?”

결론부터 말씀드리면, 어떤 세목에서 ‘주택 수’를 판단하느냐에 따라 답이 달라질 수 있습니다. 같은 주택이라도 양도소득세의 1세대 1주택 비과세를 판단할 때와, 양도세 중과세율·취득세·종합부동산세에서 주택 수를 계산할 때의 취급이 다를 수 있습니다.

양도소득세 1세대 1주택 비과세는 「소득세법」 제89조 제1항 제3호 및 「소득세법 시행령」 제154조의 구조(양도일 현재 1주택 보유 및 보유·거주 요건 충족 시 비과세)에서 출발합니다.

이때 실무상 핵심은, 부동산매매업자가 보유한 주택이 실제 판매 목적의 재고자산(재고주택)으로 인정되는지 여부입니다. 국세 해석 실무에서는 매매업자가 보유한 판매용 재고주택을 주거용 주택과 동일하게 보지 않을 여지가 있다는 취지로 정리되는 경우가 있습니다.

다만 이는 ‘부동산매매업자냐 아니냐’만으로 자동 결정되는 문제가 아닙니다. 과세관청은 통상 아래와 같은 사실관계를 종합하여 재고주택 여부를 판단합니다.

• 해당 주택의 취득 목적 및 자금흐름
• 장부상 재고자산(상품/재고) 처리 여부
• 매물 등록, 광고 등 실제 판매 활동 여부
• 임대 여부(임대가 있었다면 기간·형태)
• 보유기간 및 거래의 반복성
• 매매업으로 볼 수 있는 계속성

정리하면, 거주주택 1채 + 매매업 재고주택을 함께 보유한다고 해서 곧바로 1세대 1주택 비과세가 배제된다고 단정할 수는 없습니다. 반대로 사업자등록만 해두었다고 모든 주택이 자동으로 재고자산이 되는 것도 아닙니다. 결국 쟁점은 “해당 주택이 실제로 판매용 재고자산으로 관리되었는가”이고, 실무에서는 그에 대한 입증이 가장 중요합니다.

비과세 판단과 중과세율(다주택 중과) 판단은 반드시 구분해야 합니다.

(1) 양도소득세 중과세율 판단: 재고주택도 주택 수에 포함

「소득세법 시행령」 제167조의3에서는 1세대 다주택(예: 3주택 이상 등) 해당 여부를 판단할 때의 주택 수 계산 규정을 두고 있으며, 실무에서는 부동산매매업자가 보유하는 재고자산 주택도 주택 수에 포함되는 방향으로 검토가 이루어집니다.

또한 다주택자 양도소득세 중과 유예는 종료 시점 및 보완 규정에 따라 세부 적용이 달라질 수 있으므로, “유예라서 의미 없다”는 방식으로 접근하는 것은 위험합니다. 양도 거래는 계약일·잔금일·등기일, 경우에 따라 토지거래허가 등과 맞물려 결과가 달라질 수 있어 사전 검토가 필요합니다.

(2) 취득세 판단: 원칙적으로 주택 수에서 자동 제외되지 않음

취득세는 「지방세법」 체계에서 주택 수 산정 및 중과 여부를 판단합니다. 실무에서 흔한 착오는 “양도세 비과세에서 재고주택이 빠질 수 있으니, 취득세도 똑같이 빠질 것”이라고 생각하는 경우입니다.

그러나 취득세에서는 ‘부동산매매업 재고자산’이라는 이유만으로 일반적으로 주택 수에서 제외된다고 보기 어렵고, 취득세 중과 예외·주택 수 제외 규정을 별도로 확인해야 합니다.

참고로 2025년 1월 2일 이후 취득하는 지방 소재 공시가격 2억 원 이하 주택 등은 일정 요건에서 취득세 중과 제외 및 주택 수 산정 제외가 적용되는 개정 흐름이 있으나, 이는 지방세(취득세)의 규정이며 양도소득세 판단으로 그대로 확장되는 것은 아닙니다.

(3) 종합부동산세 판단: 원칙적으로 주택 수 검토 대상, 특례는 ‘요건 충족’이 관건

종합부동산세도 “사업용 재고주택이니 자동 제외”처럼 단순한 구조가 아닙니다. 주택분 종부세는 공시가격 합산, 공제금액, 공정시장가액비율, 주택 수 및 세율 구간 등 요소를 종합해 계산합니다.

또한 종부세에는 합산배제 임대주택, 사원용 주택, 일시적 2주택, 상속주택, 지방 저가주택 등 다양한 특례가 존재합니다. 이 경우에도 핵심은 “매매업자라서 제외”가 아니라, 각 특례의 법정 요건 충족 여부를 별도로 검토하는 것입니다.

결국 중요한 것은 “몇 채를 가지고 있느냐”가 아니라, 어떤 세목에서, 어떤 목적의 주택으로, 어떤 법령 요건을 적용할 것인지입니다. 거주주택 양도, 신규 주택 취득, 종부세 부담을 함께 검토해야 한다면 거래(계약) 전에 주택 수와 재고주택 입증자료를 먼저 정리하시는 것이 안전합니다.